心臓を失い命を落とした虎杖悠仁は、死後のような空間で宿儺と再び相まみえる。そこは血の匂いが漂う不気味な骨の王座――宿儺の内なる領域だった。宿儺は悠仁に取引を持ちかけ、「自分が一度だけ体を支配できる」という条件のもと、命を返してやると告げる。しかし悠仁は強く拒み、「他人の命を踏みにじるような生き方はしない」と言い切る。宿儺は嘲笑いながらも、その意志を認め、強制的に契約を結ぶことに成功する。そして現実世界では、伏黒が絶望の中で悠仁の遺体を抱きしめていた――だが、次の瞬間、悠仁のまぶたがゆっくりと開くのだった。
虎杖と東堂の連携攻撃により、真人はついに追い詰められ、冷酷な余裕を失い焦りを見せる。虎杖は七海や仲間たちの思いを胸に、怒りと覚悟を力に変えて最後の反撃を仕掛ける。真人も形態変化と術式で必死に抵抗するが、渋谷の戦場で繰り広げられる三者の死闘は、ついに決定的な局面を迎え、勝敗の行方が大きく動こうとしていた――。
野薔薇が致命傷を負ったかのような状況で、虎杖の決意が限界に達する。マヒトはその絶望につけ込み、身体的にも精神的にも悠仁を追い詰める。そこへ青砥（あおい・トド）が「不義遊戯」で突如現れ、虎杖を救い出す。――絶望の中でも、彼の魂は再び燃え上がった。
虎杖悠仁の修行が進む中、五条悟は新たな指導者として七海建人（ななみ けんと）を紹介する。元サラリーマンという異色の経歴を持つ七海は、冷静沈着で理性的な一級呪術師だった。彼は悠仁に「呪術師は正義ではなく、仕事として人を救う」と教え、五条とは正反対の現実的な考え方を示す。その一方で、街では人間を呪霊に変える謎の男――真人（まひと）が暗躍を始めていた。彼の歪んだ実験によって次々と人々が犠牲になり、悠仁と七海はついにその事件の調査に乗り出す。物語は、人間と呪いの境界が揺らぐ新たな戦いへと突入していく――。
悠仁は意識を取り戻し、両面宿儺の支配が弱まった体で、渋谷の破壊された街を目の当たりにする。壊滅した風景と多くの死者を見て、自分が“殺人者”になってしまったのではないかという罪悪感に飲まれそうになるが、それでも立ち上がる決意を固める。一方、七海建人は大怪我を負いながらも駅構内で改造された人間たちと戦い、マヒトとの再会を果たすが、最期の瞬間に彼の言葉を悠仁に託し、力尽きて倒れる。
虎杖悠仁は海王級の強力な呪霊・シーキング（海竜王）と対峙。市民は虎杖の勝利に疑念を抱くが、虎杖は一撃で呪霊を倒す。その後、虎杖は宿儺の力を用いて戦う自分の力を自覚し、呪術師としての立場を徐々に固めていく。
五条と宿儺の領域のぶつかり合いが激化し、宿儺は領域増幅で五条の防御を突破する。最終盤で宿儺の斬撃が五条に届き、戦況が大きく揺らぐ。