虎杖悠仁たちは、真人の手口を真似た謎の呪霊と激突する。呪霊は人間の恐怖や後悔を糧に力を増すタイプで、戦いの最中、悠仁の心の奥に潜む“宿儺”の存在が揺らぎ始める。圧倒的な呪力の差に追い詰められる中、伏黒が冷静に敵の術式を読み解き、釘崎は自らを囮にして仲間を救う覚悟を決める。絶体絶命の瞬間、悠仁は怒りと悲しみを力に変え、限界を超えた一撃を放つ――しかしその一瞬、宿儺の笑い声が脳裏に響き、悠仁の中で何かが“目覚めかける”。呪霊を祓った後も、その不気味な余韻が残り、悠仁は自分が本当に人間でいられるのかという恐怖と向き合うことになるのだった。
呪術高専への入学を決めた虎杖悠仁は、五条悟に連れられて東京の呪術高専を訪れる。そこで彼は、すでに在学している2年生の伏黒恵と、1年生の釘崎野薔薇に出会う。最初の任務として、悠仁と野薔薇は五条の指示で廃ビルに潜む呪霊の討伐へ向かうことになる。緊張と恐怖の中、悠仁は初めて本格的に呪いと対峙し、人を守るために戦う覚悟を新たにするのだった。
五条と宿儺の領域戦はさらに激化し、両者ともに限界を攻め続ける。宿儺は多重術式と呪具の応用で五条を追い詰め、五条は反転術式で必死に立て直す。斬撃と必中の応酬が続く中、戦いは互いの体力と術式の残量勝負へと移っていく
虎杖は東堂の支援を受けながら、怒りと覚悟を胸に真人に最後の一撃を放とうと全力を尽くす。真人は形態変化と術式で必死に抵抗するが、虎杖の決意と力に徐々に押されていく。渋谷の戦場では、二人の戦いが極限に達し、真人の運命はついに決定的な局面を迎えようとしていた――。
渋谷事変の終盤、虎杖たち呪術師グループは次の戦いへ備えながら散らばっている。パンダが瓦礫の中から日下部を救出し、彼との会話で虎杖に対する複雑な感情が浮き彫りになる。東堂と新田は、獄門疆が移動されたことを察し、仲間の救出と敵戦力の削減を新たな目的に定める。――しかしその背後で、“真の黒幕”の影が静かに姿を見せ始めていた。
虎杖悠仁は真希羅（マヒト）との緊迫した戦いの中、狙いすましたブラックフラッシュを叩き込んで決定打を与える。マヒトはその直後、領域展開を使おうとするが行動が遅れ、隙を突かれる。勝利目前の虎杖のもとに、突然“偽・ゲトー”が現れ、物語は新たな展開へと揺れ始める。
真人とその分身体との戦いが続く中、野薔薇は大胆な戦略で真人の心臓を傷つけ、彼の魂にも直接攻撃を仕掛ける。虎杖は優勢を取り戻せず苦戦するが、野薔薇の行動から大きな可能性を感じ、あらためて彼女を信じる。――互いの戦い方や信念が交錯し、事態は新たな局面へと進んでいく。