虎杖悠仁の修行が進む中、五条悟は新たな指導者として七海建人（ななみ けんと）を紹介する。元サラリーマンという異色の経歴を持つ七海は、冷静沈着で理性的な一級呪術師だった。彼は悠仁に「呪術師は正義ではなく、仕事として人を救う」と教え、五条とは正反対の現実的な考え方を示す。その一方で、街では人間を呪霊に変える謎の男――真人（まひと）が暗躍を始めていた。彼の歪んだ実験によって次々と人々が犠牲になり、悠仁と七海はついにその事件の調査に乗り出す。物語は、人間と呪いの境界が揺らぐ新たな戦いへと突入していく――。
虎杖悠仁の心臓が止まり、彼の意識は宿儺の内なる領域――不気味な骨の玉座が並ぶ空間に漂う。宿儺は悠仁に取引を持ちかけ、自分を完全に受け入れる代わりに生き返らせてやると提案する。しかし悠仁はその申し出をきっぱりと拒絶し、どんな結果になろうとも「人を守るために死ぬ」と覚悟を示す。一方、現実世界では伏黒と五条が悠仁の死を悼みながらも、呪いとの戦いを続ける決意を新たにしていた。やがて、宿儺の力によって悠仁の体が再び動き出す――彼の運命は大きく動き始めるのだった。
虎杖悠仁と伏黒恵が再会し、伏黒は“死滅回游（カーミナ）”について説明する。宿儺の指と天元様の存在が重要になることが示され、二人は新たな目的のために動き出す準備を進める回となっている。
虎杖は七海を失った直後、怒りと悲しみを抱えたまま真人へと突撃し、激しい近接戦闘が始まる。真人は虎杖の感情を弄ぶように挑発しつつ、多彩な形態変化で攻撃を続けるが、虎杖はそのすべてを正面から受け止め、ただ「真人を倒す」という強い意志のみで前進する。渋谷の混乱の中、二人の衝突はさらに激しさを増し、互いの“本気”がぶつかる決戦の幕が本格的に開かれていく――。
虎杖悠仁は、再び日常に戻ったかと思われた矢先、新たな呪霊事件に巻き込まれる。現場では一般人が危険にさらされ、悠仁は迷うことなく助けに向かうが、呪霊の異常な強さに圧倒されそうになる。そこに伏黒恵と釘崎野薔薇が駆けつけ、三人は協力して呪霊を封じ込めようとする。戦闘の中で、悠仁は仲間との連携の大切さを改めて実感し、呪術師としての責任と覚悟を強く胸に刻む。しかし、事件の背後にはさらに強大な呪力が潜んでいることがほのめかされ、次なる危機が静かに迫っていた――。
呪術高専への入学を決めた虎杖悠仁は、五条悟に連れられて東京の呪術高専を訪れる。そこで彼は、すでに在学している2年生の伏黒恵と、1年生の釘崎野薔薇に出会う。最初の任務として、悠仁と野薔薇は五条の指示で廃ビルに潜む呪霊の討伐へ向かうことになる。緊張と恐怖の中、悠仁は初めて本格的に呪いと対峙し、人を守るために戦う覚悟を新たにするのだった。
虎杖悠仁と東堂葵は、特級呪霊・花御との死闘の中で、ついに完璧な“連携”を見せ始める。東堂は自らの術式「不義遊戯（ブギウギ）」を発動し、手を叩くたびに自分と悠仁、あるいは敵の位置を入れ替え、予測不能な攻撃で花御を翻弄する。悠仁は東堂の動きを完全に理解し、瞬時に呼吸とタイミングを合わせ、呪力を打撃の瞬間に集中させた「黒閃（こくせん）」を放つ。その一撃は花御に確かなダメージを与え、戦況が大きく動く。花御は人間の可能性に一瞬の“美しさ”を見出しながらも、なお自然の怒りを解き放つ。二人の友情と闘志が燃え上がる中、戦いは限界を超える新たな段階へと突入していく――。